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レガシーの主要キャラクターが謎の不在
『トロン：レガシー』は主に、ギャレット・ヘドランド演じるサム・フリンとオリビア・ワイルド演じるコラを追った。ジェフ・ブリッジス演じるケビン・フリンの息子であるサムは、行方不明の父親を探し、ケビンの反乱を起こしたプログラムCLUを止めるためにザ・グリッドに侵入した。旅の途中で、サムは唯一生き残ったISO（独自のデジタル生命体）であるコラと出会う。
映画の結末は、彼らの続く物語を用意しているように見えた。サムはエンコムの後継者としての責任を受け入れ、コラは物理世界に初めて足を踏み入れたデジタル生命体となった。ポストクレジットシーンでは、サムがコラの助けを借りてエンコムをオープンソース技術の擁護者へと変えていくことさえ示唆されていた。
レガシーから残された未解決の疑問
- なぜサムはエンコムを改革するという使命を放棄したのか？
- コラはザ・グリッドに戻ることを選んだのか？
- アレスはこれらのキャラクターアークをどのように認識するのか？
情報筋によると、ディズニーは『レガシー』の興行成績が期待外れ（1億7000万ドルの予算に対し、4億990万ドル）だったため、同作との距離を置いている可能性がある。この財政的な結果と、当時のスタジオがマーベルとスター・ウォーズへ軸足を移したことが、『レガシー』の物語を続けるのではなく方向転換する決断に影響したと思われる。
欠落したディリンジャーの遺産
キリアン・マーフィーによるエドワード・ディリンジャー・ジュニア役での短いが重要な登場は、展開が予定されていたように思われた。オリジナル『トロン』の悪役の息子として、エンコムの独自ソフトウェア擁護者という彼の役割は、将来の敵役として完璧に位置付けられていた。マスター・コントロール・プログラムが戻ってくる可能性（予告編に登場した赤く光るプログラムが証拠）を考慮すると、彼の不在は特に不可解である。
エヴァン・ピーターズがジュリアン・ディリンジャーというキャラクターを演じるが、マーフィーがやはり予告なしで登場するのではないかとファンは推測している。彼の元々の『レガシー』でのカメオ出演も同様にクレジットされていなかった。
トロンなしのトロン？
ブルース・ボックスライトナーによるアラン・ブラッドリーとトロンの二役は、このシリーズの基礎を形成していた。彼の不在は、この新作がその名を冠するキャラクターとどう繋がるのかという根本的な疑問を投げかけている。『レガシー』でのトロンの贖罪の物語（プログラムし直されたリンズラーであったことが明らかになった）の後、ファンは彼の物語にある種の決着がつくことを期待していた。
ジェフ・ブリッジスがデジタルの来世から戻る方法
予告編は、ケビン・フリンとCLUの両方が『レガシー』で滅びたにもかかわらず、ジェフ・ブリッジス演じるキャラクターたちの復帰を示唆している。考えられる説明としては：
- CLUがデジタル爆発を生き延びた
- どちらかのプログラムのバックアップ版
- ケビンがデジタル超越を成し遂げた
この創作上の決定は、『レガシー』から生き残ったキャラクターの多くが『アレス』で行方不明のままでいることを考えると、特に不可解に思える。
ノスタルジックなビジュアルとナイン・インチ・ネイルズの音楽が『レガシー』の美学を呼び起こす一方、これらの物語上の選択は、『アレス』が直接的な続編というよりソフトリブートとして機能することを示唆している。ファンは最終的に、たとえ物理的に登場しなくても、これらの愛されたキャラクターたちの運命への何らかの言及を望んでいる。
